Как учесть транспортные услуги, если перевозчик — агент?

Здравствуйте, помогите разобраться:

Оплатили счет транспортной организации за перевозку товара до нашего покупателя (у нас торговля).
По окончании были предоставлены следующие документы: счет-фактура от имени Аэрофлота (но снизу подписано, что транспортная компания - агент) в наш адрес и 2 акта от самой транспортной организации на услуги. 
Если я буду заводить эти услуги на контрагента транспортную компания, то тогда информация в книге покупок не будет соответствовать счет-фактуре. Как правильно поступить?